A Magyar Kormány 2002-ben döntött a MAHART magánosításáról, és a legmagasabb privatizációs bevétel elérése érdekében megvizsgáltatta a társaság egyben, vagy külön történő értékesítésekor várható bevételeket.
Az állam bevételének maximalizálása érdekében az Alapító., mint a MAHART 100 %-os tulajdonosa a 2220/2003 sz. kormányhatározat értelmében a privatizációs törvény módosítását követően - a 205/2003.(VIII.28.) és 206/2003.(VIII.28.) számú alapítói határozataival - döntött a MAHART értékesítés előtti átalakulásáról. Ennek során 2003. november 1-én a társaságnak három, funkcionálisan összetartozó szervezeti egységre kellett szétválnia.
A régi "Nagy" MAHART-on belül kiemelt fontossággal a folyami áruszállítási tevékenység bírt, és mivel az üzletág évről évre hatalmas veszteséget halmozott föl, értékesítésének folyamatát mielőbb meg kellett indítani. A privatizációs folyamat felgyorsítása érdekében döntöttek amellett, hogy az üzletágat egy már működő MAHART tulajdonú leányvállalatba szervezik ki, és apportálják a tevékenységéhez szükséges eszközállományt. Ez alapján a MAHART folyami áruszállítási üzletágának tevékenysége a MAHART Duna-Cargo Kft.-be került kiszervezésre 2003. október 1-től.
Ezt követően, mint azt már fentebb említettük, 2003. november 1-én megtörtént két 100%-ban ÁPV Rt. tulajdonú részvénytársaság MAHART-ból történő kiválása. Az egyik részvénytársaságba, a MAHART Szabadkikötő Részvénytársaságba a kikötői tevékenység, illetve a kikötő működéséhez szükséges eszközök, részesedések és ingatlanok, a másik részvénytársaságba, az M-Ingatlan Rt-be a MAHART tevékenységéhez közvetlenül nem kapcsolódó ingatlanok kerültek.
A szétválás után a maradó MAHART fő célja a privatizációs bevételek maximalizálása, és ezáltal a tulajdonos osztalékelvonás céljainak teljesítése volt. Főbb feladatai az egyes vagyonelemek minél jobb áron történő értékesítéséből, valamint a tevékenységet már nem folytató leányvállalatok megszűntetéséből álltak. Mindemellett biztosítani kellett a cég addigi tevékenységéből eredő kötelezettségek teljesítését is. A társaság tevékenysége ezen kívül a megmaradt ingatlanok és egyéb eszközök bérbeadására korlátozódott. Az értékesítés előrehaladtával szükségessé vált a működési költségek minimalizálása, melynek legfontosabb eszköze a munkaerő-racionalizálás volt.